En 1832, por gestiones de Fray Antonio Burbano, se adecuó el edificio y reanudó actividades académicas bajo su dirección. En esta ocasión tomó el nombre de Colegio de San Agustín, en honor a la congregación a la que pertenecía este benefactor. El consiguió aportes nacionales y donó su propia hacienda, para que con la renta que produjera se iniciaran estudios de teología. A la muerte del padre Burbano, el Consejo nombró al doctor Antonio José Chaves como rector. El nuevo directivo incrementó la educación secundaria; sostuvo la enseñanza profesional del Derecho y estableció la cátedra de Teología. Por estos antecedentes, el historiador Sergio Elías Ortiz, sitúa el origen de la Universidad de Nariño en el acto legal de creación del Colegio de San Agustín en la Provincia de Pasto.

Al finalizar la década de 1850, el plantel tomó el nombre de Colegio Académico, éste se constituyó en el centro educativo de mayor importancia en la región. Sin embargo, su existencia estuvo estrechamente ligada a las contiendas que surgieron en numerosas ocasiones durante la segunda mitad del siglo XIX, debido a las diferentes concepciones frente a la necesidad de: modernización del país, secularización de la sociedad, separación iglesia-estado y, oficialización de la educación laica, obligatoria y gratuita. 

En 1832, por gestiones de Fray Antonio Burbano, se adecuó el edificio y reanudó actividades académicas bajo su dirección. En esta ocasión tomó el nombre de Colegio de San Agustín, en honor a la congregación a la que pertenecía este benefactor. El consiguió aportes nacionales y donó su propia hacienda, para que con la renta que produjera se iniciaran estudios de teología. A la muerte del padre Burbano, el Consejo nombró al doctor Antonio José Chaves como rector. El nuevo directivo incrementó la educación secundaria; sostuvo la enseñanza profesional del Derecho y estableció la cátedra de Teología. Por estos antecedentes, el historiador Sergio Elías Ortiz, sitúa el origen de la Universidad de Nariño en el acto legal de creación del Colegio de San Agustín en la Provincia de Pasto. Siguiente.