Según la clasificación del Ministerio de Educación Nacional, consignada en el Artículo 6º del Decreto No. 1001 del 3 de abril de 2006, el Programa Maestría en Educación de la Universidad de Nariño es una Maestría de Investigación. Por lo que su identidad y sentido, el perfil del profesional, el Plan de estudios y el desarrollo del programa tienen como fundamento la investigación.

Cada estudiante debe entrar a formar parte de uno de los grupos de investigación que sustentan la Maestría según la línea a la cual pertenezca su propuesta de Proyecto de Investigación.