Posteriormente, el Consejo Superior mediante Acuerdo No. 157 de 1993 aprobó la creación del Programa profesional de Acuicultura, adscrito a la facultad de Ciencias Pecuarias. Desafortunadamente, por errores conceptuales del programa originalmente propuesto y la ausencia de recursos presupuestales suficientes que aseguraran el funcionamiento permanente de la unidad de jaulas flotantes localizada en el Lago Guamúes, la granja camaronera ubicada en Tumaco y el laboratorio de organismos hidrobiológicos, no fue posible el desarrollo del programa profesional durante 1994 en condiciones de calidad. Por lo anteriormente expuesto, el Comité Curricular inició la reestructuración total del programa profesional de Acuicultura a través de un proceso de consulta a profesores, estudiantes, egresados y expertos en el área. Como resultado de esta discusión se propone la implementación del programa de Ingeniería en Producción Acuícola, con el fin de lograr un egresado que respondiera a las necesidades reales del entorno dentro de los retos impuestos por la ley de ciencia y tecnología, la apertura económica y el sistema de acreditación de la educación superior.
A este programa de Formación Profesional accedieron tanto los egresados de la Tecnología en Hidrocultura, como los egresados de la Tecnología en Producción Pesquera, pues el segundo ciclo para estos últimos no se llevó a cabo. Para este proceso de acople se requirió de un período de nivelación y ello permitió que la Ingeniería en Producción Acuícola (IPA) se desarrollará sin mayores inconvenientes a partir del semestre A de 1.996.
Adicional a lo anterior y con miras a fortalecer la presencia de la Universidad de Nariño en la Costa Pacífica, principalmente en el Puerto de Tumaco, la Administración Municipal precedida por el Doctor Nilo del Castillo Torres firma el “Convenio Interadministrativo suscrito entre la Universidad de Nariño y la Alcaldía Municipal de Tumaco”, en el mes de julio de 1996. En dicho convenio la Universidad se compromete a dar inicio a partir del mes de agosto del mismo año a los programas presenciales de Formación Profesional en Economía, Administración de Empresas y Comercio Internacional y Mercadeo. Igualmente, se compromete a implementar a partir del mes de enero de 1.997 los programas presenciales de Formación Básica Profesional en Ingeniería Agroindustrial e Ingeniería Civil, teniendo los estudiantes que terminar la carrera (60%) en la sede Principal Pasto. Por su parte el municipio se compromete a dar cumplimiento en lo referente a la financiación de los programas.