La vida profesional del doctor Javier Esparza Duque ha estado consagrada desde su comienzo a la educación agrícola superior en todas sus facetas: la docencia universitaria, la investigación científica, la administración académica, la coordinación interinstitucional dentro y fuera del país, y la cooperación técnica internacional.
En la primera etapa de su carrera cumplida en Colombia, se inició dictando la cátedra de Fitopatología en la Facultad de Agronomía de la Universidad Nacional de Palmira durante el último semestre de sus estudios universitarios (1963). Al término de los mismos el doctor Luis Santander Benavides, rector extraordinario y renovador de la Universidad de Nariño lo designó como profesor de Biología General, Microbiología Agrícola, Fitopatología y Control de Enfermedades de las Plantas en el Instituto Tecnológico Agrícola (ITA), hoy Facultad de Ciencias Agrícolas, desempeñándose como primer secretario académico y más tarde como decano (1964).
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