Se inicio en el año de 1964 con la creación de las facultades de ciencias agrícolas y educación. Legalmente la colección se registró ante el Instituto Von Humbolt en agosto del 2002 por la iniciativa de estudiantes y profesores de esta área. En estos momentos la colección zoológica es soporte para el desarrollo de prácticas de laboratorio para asignaturas del plan básico como son zoología y ecología y para materias especializadas como, herpetología, mastozoología, ornitología y biogeografía.

Desde el punto de vista investigativo se ha convertido en una herramienta para el desarrollo de investigaciones en la parte formativa (talleres de investigación) y en el área de investigación formal (desarrollo de trabajos de grado y tesis de pregrado y postgrado). La colección zoológica ha sido visitada no sólo por estudiantes de la Universidad de Nariño , sino también por investigadores de la Universidad Nacional, la Universidad del Valle y la de Antioquia, entre otros.

La información depositada en la colección zoológica PSO -041 de la Universidad de Nariño ha servido como base para tres actividades de extensión. La primera hace referencia a la realización del diagnóstico de biodiversidad del Departamento de Nariño realizado con entidades como CORPONARIÑO, UAESPNN, VON HUMBOLDT Y GOPBERNACIÓN el cual permitió establecer unos listados bases en los diferentes grupos faunísticos para el departamento. El segundo tiene que ver con el análisis físico – biótico de los páramos de Nariño donde se utilizó la información entomológica, herpetológica y ornitológica para establecer una línea base de diversidad faunística de los complejos paramunos nariñenses. La tercera hace referencia al diagnóstico de la diversidad aviaria del departamento, investigación llevada a cabo por la Asociación GAICA y que en estos momentos está en su proceso de análisis y divulgación.

Para poder lograr los objetivos de la colección zoológica, se realizan expediciones periódicas, prácticas académicas, se han vinculado investigaciones y trabajos de grado a lugares regionales con el fin de colectar el material biológico necesario para referencia y así propender el crecimiento de la colección biológica.

La colección de microorganismos de la Universidad de Nariño se creó como una necesidad del departamento de Biología de mantener, preservar y suministrar diferentes clases de especímenes derivados principalmente de trabajos de investigación y algunos microorganismos control (ATCC). El servicio que presta esta colección es sin animo de lucro y la finalidad esta enfocada en apoyar e incentivar la investigación en el departamento de Nariño a nivel de los centros de educación superior y entidades externas que lo requieran.

La colección se implementó para garantizar la conservación y viabilidad de los ejemplares durante periodos prolongados de tiempo evitando la pérdida de especímenes y garantizando su disponibilidad para futuras investigaciones. De igual manera, consolida e integra la información y los resultados relevantes a que ellos dieran lugar en las investigaciones.

Esta dependencia de la Universidad de Nariño creada recientemente cuenta con 72 ejemplares, clasificados taxonómicamente mediante pruebas bioquímicas de acuerdo con el manual de Bergey´s y técnicas moleculares. La finalidad de la colección es incrementar el número de especímenes y posicionarse como el principal depósito de especímenes en el suroccidente colombiano.